Pero al final del partido contra Nigeria, Maradona fue llamado a un control antidopaje, que dio resultados positivos para efedrina, una sustancia prohibida. El 27 de junio se enfrentó en Porto Alegre a una aguerrida Paraguay donde en los 90 minutos igualaron sin goles pero clasificó a semifinales tras vencer en los penales 4-3 a los Guaraníes. En las Eliminatorias para Rusia 2018, Brasil se enfrentó en la primera fecha a Chile el 8 de octubre en Santiago, partido en el cual perdieron por 0-2, siendo ésta la única derrota que cosechó el equipo en las eliminatorias al mundial ruso.