En junio de 2003 el filial del equipo, el Málaga B, hoy denominado Atlético Malagueño, asciende a Segunda División, y el equipo de categoría juvenil se proclama campeón de España. El 3 de diciembre de 2003 el Málaga, entrenado por Juande Ramos durante la temporada 2003/04, derrotó al FC Barcelona por el abultado resultado de cinco a uno, goles anotados por Salva Ballesta, en tres ocasiones, el delantero charrúa Diego Alonso y por Manuel Canabal.
