Repite final al año siguiente en su segunda participación y el rival esta vez es el Bayern de Múnich, que arrebata el título a los valencianistas en la tanda de penaltis. En la temporada 2003-2004 repite título y también gana la Copa de la UEFA, logrando así un doblete histórico y situando al Valencia como mejor equipo del mundo del año 2004 según la IFFHS.
